Z{0}ARG{1}LEU-ARG-GLY-GLY-AMC CAS 167698-69-3

Često se koristi kao peptidni supstrat za SARS-CoV PLpro (teški akutni respiratorni sindrom korona virus papaja poput proteaze). SARS-CoV je koronavirus, a njegov PLpro je ključni enzim u procesu replikacije virusa, koji učestvuje u obradi virusnih polimernih proteina. Stoga ima važnu primjenu u proučavanju mehanizma replikacije SARS-CoV, skriningu antivirusnih lijekova i razvoju vakcine.

Može poslužiti i kao fluorescentna sonda za biološko snimanje i istraživanje lokalizacije stanica. Zbog prisustva AMC (amino metil kumarin) grupe, ovaj peptid pokazuje fluorescentna svojstva i može emitovati fluorescenciju pod ekscitacijom. Ovo omogućava označavanje specifičnih molekula ili struktura u ćelijama i tkivima, čime se otkrivaju dinamičke promene bioloških procesa.

Također se može koristiti za visoko{0}}protočno ispitivanje inhibitora i kontinuiranu analizu. U procesu razvoja lijeka, ključno je pronaći spojeve koji mogu efikasno inhibirati aktivnost specifičnih enzima ili proteina. Kao peptidni supstrat za PLpro, može se koristiti zajedno s potencijalnim inhibitorima za procjenu njihove aktivnosti mjerenjem promjena u brzini hidrolize supstrata. Ova metoda ima prednosti visoke propusnosti, visoke osjetljivosti i visoke specifičnosti, što može uvelike ubrzati proces skrininga lijekova.

Osim toga, može se primijeniti i na imunološka istraživanja. Peptidne supstance igraju važnu ulogu u imunološkom sistemu i mogu učestvovati u imunološkom odgovoru kao antigeni ili antitela. Specifična sekvenca i struktura Z-ARG-LEU-ARG{{5}GLY-AMC-a može mu dati imunogenost ili imunoreaktivnost, što ga čini pogodnim za pripremu antitijela, vakcina ili imunodijagnostičkih reagensa.

PLpro je odgovoran za obradu poliproteina virusa i bijeg imuniteta domaćina, te je ključna meta za antivirusne lijekove. Z-LRGG-AMC, kao PLpro specifičan supstrat, ima efikasnost cijepanja više od tri puta veću od tradicionalnih supstrata kao što je Z-Gly-Gly Arg AMC. U skriningu lijekova, potencijalni antivirusni lijekovi se mogu brzo identifikovati otkrivanjem stope inhibicije jedinjenja na PLpro cijepanje Z-LRGG-AMC.

For example, a study used this substrate to screen candidate molecules with inhibition rate>90% iz biblioteke od 100 000 jedinjenja, pružajući ključnu podršku za razvoj antivirusnih lijekova kao što je remdesivir. Upoređujući efikasnost rezanja različitih sojeva virusa PLpro na Z-LRGG-AMC, može se otkriti efekat varijacije virusa na aktivnost proteaze. Na primjer, stopa smanjenja SARS-CoV-2 PLpro na Z-LRGG-AMC-u je 1,5 puta brža od one kod SARS-CoV PLpro, što sugerira da može imati jaču regulatornu sposobnost imuniteta domaćina.

IPaseT i drugi DUB-ovi regulišu razgradnju proteina cijepanjem C-terminalne sekvence ubikvitina. Z-LRGG-AMC simulira C-terminalnu strukturu ubikvitina, sa kcat/Km vrijednošću od 18 M ⁻¹ s ⁻¹, što ga čini idealnim supstratom za proučavanje DUB kinetike. Na primjer, u istraživanju raka, odnos između neravnoteže homeostaze proteina i progresije tumora može se ocijeniti otkrivanjem aktivnosti cijepanja DUB-a na Z-LRGG-AMC u tumorskim ćelijama.

U kombinaciji sa fluorescentnom rezonantnom tehnologijom prijenosa energije (FRET), Z-LRGG-AMC se može koristiti za-praćenje u realnom vremenu procesa modifikacije intracelularne ubikvitinacije. Na primjer, u modelu neurodegenerativne bolesti, otkrivanje razine ubikvitinacije alfa sinukleina otkriva povezanost između njegove agregacije i disfunkcije proteasoma.

U ploči sa 384 jažica, Z-LRGG-AMC je pomiješan sa test jedinjenjem i inhibitori enzima su brzo pregledani promjenama fluorescentnog signala. Ova metoda ima visoku propusnost (može pregledati hiljade jedinjenja dnevno) i nisku cijenu (trošak jedne pore).<0.1 USD), and has become a standard process for drug development. By changing the substrate concentration, the Km (Michaelis constant) and Vmax (maximum reaction rate) of the enzyme on Z-LRGG-AMC were determined, providing a theoretical basis for inhibitor design. For example, a study used this substrate to determine a Km value of 12 μ M for PLpro, providing key data for optimizing inhibitor affinity.